Głównym celem badań Zakładu jest wyjaśnienie podstawowych mechanizmów biofizycznych procesów zachodzących z udziałem lub w obrębie błony komórkowej. Nasze badania prowadzimy z rozdzielczością atomową stosując metodę symulacji dynamiki molekularnej.
Szczególne znaczenie mają dla nas:
- organizacja przestrzeni międzyfazowej woda/błona oraz rdzenia hydrofobowego błon lipidowych zbudowanych z fosfo- i glikolipidów zawierających nasycone i mono-nienasycone łańcuchy węglowodorowe;
- wpływ wybranych steroli, terpenoidów oraz lokalnych anestetyków na własności przestrzeni międzyfazowej woda/błona oraz rdzenia hydrofobowego błon lipidowych;
- molekularne podstawy antybakteryjnego działania i selektywności amidu magaininy-2;
- molekularny mechanizm przekazywania sygnału w receptorze V2 wazopresyny w środowisku błony lipidowej;
- oddziaływania lipid/peptyd oraz lipid/białko
- związki błonowo czynne
Oprócz badań modelowych układów błonowych, z powodzeniem zastosowaliśmy metodę modelowania molekularnego do badania wpływu znakowania spinowego na strukturę i dynamikę cytochromu c, a także w badaniach procesu dimeryzacji i polimeryzacji antytrypsyny alfa1 – białka osocza krwi.
W zakresie badań bioinformatycznych, wykorzystujemy:
- metody rozpoznawania zwoju i modelowania porównawczego w celu przewidywania biologicznej funkcji nowo zidentyfikowanych białek
- eksplorację danych tekstowych do obsługi nietrywialnych zapytań tekstowych kierowanych do bazy danych literaturowych NCBI PubMed
Współpraca zagraniczna:
- prof. dr hab. Witold K. Subczyński, Department of Biophysics, Medical College of Wisconsin, Milwaukee, USA.
- prof. Wladek Minor, Department of Molecular Physiology and Biological Physics, University of Virginia, Ch'ville, USA.
- prof. dr hab. Gerald Kneller, Centre de Biophysique Moléculaire, CNRS, Orléans, France.